La Biología es un campo muy amplio de investigación, en el que han delimitado los estudios a nivel de autotrofos, e individuos uni o multicelulares heterotrofos, invertebrados y vertebrados a lo ancho y profundo del sistema pelágico de la columna de agua, en donde habitan los individuos planctónicos y nectonicos y aquellos que se ubican en el sistema bentónico que confiere exclusivamente seres que pasan la mayor parte o toda su vida adheridos o moviéndose muy cerca del sedimento del fondo marino.

Los proyectos son interdisciplinarios ya que se tienen que analizar en conjunto las relaciones de los seres vivos entre sí y su entorno en ambientes acuaticos epicontinentales,  de transición, litorales y costeros así como someros y profundos.

Las subdisciplinas que se cultivan en esta área son:

Impacto ambiental

• Impacto ambiental y desarrollo sustentable de la acuacultura.

• Ecología acuática 

• Toxicología Marina.  

Acuacultura y Biotecnología Marina:

• Cultivo de organismos acuáticos como alimento vivo para especies de importancia comercial.

• Cultivo de invertebrados marinos para la obtención de metabolitos activos.

• Ecología y reproducción de crustáceos en sistemas costeros: ontogenia de decápodos.

• Fisiología y nutrición genómica en organismos acuáticos.

• Desarrollo de técnicas de cultivo de organismos de importancia comercial.

Biodiversidad de invertebrados

• Biología y Taxonomía de Crustáceos Decápodos

• Dinámica de poblaciones de peces pelágicos menores. 

• Dinámica trófica de pelágicos menores. 

• Ecología de comunidades bénticas. 

• Ictiología. 

• Taxonomía y ecología del fitoplancton marino.

• Zooplancton: ecología y dinámica de poblaciones de ictioplancton

• Microbiología marina: Bioprospección  y Diversidad microbiana 

• Sistemática y Ecología de los Equinodermos de México
• Genética aplicada a la maricultura. 
• Genética aplicada a la evaluación de la contaminación del medio marino. 

• Biología, sistemática  y ecología de crustáceos decápodos de México.                 
• Biología, sistemática y ecología de isópodos parásitos de crustáceos decápodos
• Ecología del zooplancton marino, morfometría de organismos marinos y análisis de comunidades acuáticas. 

• Sistemática molecular y taxonomía de equinodermos (Echinodermata

• Taxonomía de anélidos poliquetos. 
• Ecología de anélidos poliquetos
• Biología de fauna béntica

• Biodiversidad y zoogeografía de invertebrados marinos en el Pacífica este tropical.

• Biotaxonomía de crustáceos marinos, Taxonomía de esponjas y tunicados.

• Taxonomía de copépodos harpacticoides y ciclpoides

• Biología, ecología y comportamiento de langostas

• Biología y ecología de crustáceos

Ecología y genética de poblaciones acuáticas

• Ecología de comunidades de peces demersales.

• Ecología de comunidades bentónicas asociadas a ecosistemas rocosos y coralinos.

• Ecología de la meiofauna de sistemas marinos y salobres.

• Ecología de camarones pendidos.

• Ecología de los poliquetos.

• Filogeografía y genética de la conservación de tortugas marinas.

• Utilización de marcadores moleculares moleculares para el estudio de sistemas de apareamiento.

• Ecología de aves acuáticas.

• Investigación y conservación de mamíferos marinos

• Desarrollo y aplicación de sistemas y modelos para la conservación de especies marinas en riesgos de extinción: BITMAR

• Monitoreo de la biodiversidad y del impacto ambiental en las islas del golfo de California.

Biología pesquera

• Biología poblacional y pesquera de especies demersales de interés comercial en el Pacífico de México.

• Crustáceos decápodos en el contexto pesquero del pacífico mexicano

• Ecología y manejo de recursos pesqueros. 

• Genética de poblaciones y pesquerías 

Estudios en Sistemas Arrecifales

• Fotobiología de organismos acuáticos

• Simbiosis entre dinoflagelados e invertebrados.